Если все действия в программе совершены правильно, то такой ситуации не должно быть- либо материал есть, либо этого материала нет и тогда в количестве стоит 0.  Система не даст списать материал, которого нет.

Но есть ряд ситуаций, при которых  мы получаем минусовое количество материалов:

1. Иногда это бывает баг/ошибка программы (сейчас встречается очень редко).

2. Если было создано РО, по нему сделали приход и отгрузку,  потом РО и приходы к нему удалили и пересоздали новое. В этот момент в системе остаются отгрузки материалов и пока не создадут заново приход, этот материал будет висеть в минусе. Это временная ситуация  и она исправится внесением прихода.

3. Такая же ситуация, когда было РО и приход,  сделали отгрузку с этими материалами, потом удалили РО и приход. Но потом при пересоздании РО был выбран другой материал и приход создан по другому материалу. Тут нужно разбираться более детально,  удалять отгрузки по изначальному материалу и делать заново, выбирая другой материал.